当社では、退社した社員への退職金の支払いを退社の日から３か月後と定めています。 なにか問題がありますか。

退職金も支給されることが明記されていたり、会社の慣行上、支給することが当然と思われるときには賃金としての扱いを受けます。
この場合に特に支払日に関する定めがないときには、通常の賃金の締め切りの例を受けることとなります。定めがある場合には、その日に支払えば済むわけですが、３か月は長すぎると思われます。一般的には、退社の日の属する月の翌月末日くらいが平均的です。